珊瑚礁生态系统
海南岛东海岸珊瑚礁生态系统处于健康状态。监测海域造礁石珊瑚有14科33属137种，活珊瑚平均覆盖度为16.3%，同比下降1.7个百分点，红塘湾、亚龙湾、蜈支洲岛、铜鼓岭海域活珊瑚覆盖度较高。硬珊瑚平均补充量2.8个/平方米，同比增加64.7%。东海岸海域发现珊瑚礁鱼类共17科38属58种，鱼类平均密度43.30尾/百平方米，西瑁洲岛海域鱼类密度较高。
海南岛西海岸珊瑚礁生态系统监测年限不足5年，暂无健康状况结论。西海岸珊瑚礁生态系统监测海域造礁石珊瑚有9科20属62种，活珊瑚平均覆盖度12.3%，同比下降0.9个百分点，海尾海域活珊瑚覆盖度最高。硬珊瑚平均补充量3.27个/平方米，同比增加151.5%。西海岸海域发现珊瑚礁鱼类共13科21属23种，鱼类平均密度108.2尾/百平方米，邻昌岛、大铲礁海域鱼类密度较高。
西沙群岛的珊瑚礁生态系统处于健康状态。监测海域造礁石珊瑚有12科38属150种，活珊瑚平均覆盖度为22.1%，同比下降1.4个百分点，甘泉岛海域活珊瑚平均覆盖度最高。硬珊瑚平均补充量5.76个/平方米，同比增加8.1%。西沙群岛海域发现珊瑚礁鱼类共26科64属134种，平均密度146.7尾/百平方米，西沙洲、赵述岛和晋卿岛鱼类密度较高。
海草床生态系统
海南岛东海岸海草床生态系统处于亚健康状态。东海岸海草种类为2科4属4种，平均覆盖度为32.4%，同比上升16.4个百分点，陵水黎安港海草平均覆盖度最高;密度范围为78.9～1474.6株/平方米，文昌长圮港单脉二药草平均密度最高;生物量范围为11.5～506.9克/平方米，陵水黎安港海菖蒲平均生物量最高。
海南岛西海岸海草床生态系统监测年限不足5年，暂无健康状况结论。海南岛西海岸海草种类为2科2属3种，平均覆盖度为31.1%，同比上升1.3个百分点，临高红牌海域海草平均覆盖度最高;密度范围为4366.2～4437.3株/平方米，临高马袅港和红牌港的贝克喜盐草平均密度一样高;生物量范围为9.7～40.4克/平方米，红牌港单脉二药草平均生物量最高。
主要入海污染源
入海河流全省主要入海河流入海断面水质轻度污染。监测的66个入海河流断面中，水质优良(Ⅰ~Ⅲ类)比例为48.5%，IV类比例25.8%，V类比例21.2%，劣V类比例4.5%。与2020年相比(53个可比断面相比)，水质优良比例上升3.7个百分点，劣V类比例下降11.2个百分点。劣Ⅴ类断面分别为琼海市竹山溪善集中学、文昌市北水溪龙楼镇宝陵村宝陵水闸和珠溪河河口。主要污染指标为化学需氧量、高锰酸盐指数和总磷。
直排海污染源全省共监测37个日排水量大于(含等于)100立方米的直排海污染源排放口，全年污水排放总量为36705.3万吨，同比增加5.8%。主要污染物中化学需氧量排放10327.6吨，同比增加0.8%;石油类排放6.1吨，同比减少18.7%;总氮排放3119.9吨，同比增加0.5%;总磷排放84.3吨，同比增加4.9%;氨氮排放569.5吨，同比增加42.4%。
海洋垃圾开展海口湾、博鳌湾、三亚湾、洋浦湾4个港湾的海面漂浮垃圾、海滩垃圾、海底垃圾监测。
海面漂浮垃圾海上未发现特大块、大块漂浮垃圾。表层水体拖网漂浮垃圾平均个数为2494个/平方公里。塑料类垃圾数量最多，占95.7%，其次为纸质类，占4.3%。塑料类垃圾主要为泡沫残渣、塑料碎片、渔线。
海滩垃圾海滩垃圾平均个数为232084个/平方公里。塑料类垃圾数量最多，占78.4%，其次为玻璃类，占17.1%，金属类、纸质类、橡胶类和织物(布)类也均有采集到。塑料类垃圾主要为塑料碎片、塑料瓶盖、泡沫、渔线。
海底垃圾海底垃圾平均个数为4304个/平方公里。塑料类垃圾数量最多，占83.3%，纸质类占7.1%，金属类占4.8%，玻璃类和木制品类均占2.4%。塑料类垃圾主要为塑料袋、渔线、食品包装袋。
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